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Aguas 

Los tres ríos más importantes de la zona son: El Bornova, el Cañamares y el Salado. El Sorbe nace también en la cercana Sierra de Pela, pero sus aguas van hacia Beleña donde forman el pantano.

El río Bornova se forma por la confluencia, por debajo de Albendiego, del Río Manadero que alimenta la laguna de Somolinos y es desagüe de la misma, y del Río o Arroyo de la Requijada que viene de los Condemios.  

Se juntan corriente abajo del Molino del Callejón. La unión de estas dos corrientes ya es el Bornova. Pasa cerca de Hiendelaencina (junto al Molino de la Oportuna) y, después de formar el Pantano de Alcorlo, por San Andrés del Congosto. En San Andrés está la presa del Pantano de Alcorlo. El pantano recibe su nombre del pueblo que inundó.

Los dos afluentes principales del Bornova son el Pelagallinas y el Cristóbal. Desemboca en el Henares, cerca de Miralrío y tiene una longitud de unos 65 Km.

El Río Cañamares nace cerca de Miedes y pasa por los pueblos de Cañamares y la Miñosa. 

El Cañamares forma el Pantano de Pálmaces y después de pasar por Pinilla y Medranda desemboca en el Henares a la altura de Castilblanco.

El Río Salado nace en Paredes de Sigüenza. A su paso origina salinas, hoy en día abandonadas, en numerosas localidades. 

Pasa por Rienda (salinas), Riba de Santiuste, Imón (salinas), Santamera (salinas). 

Forma el Pantano de El Atance que inundó el pueblo del mismo nombre. El pantano queda cerca de Huérmeces del Cerro y Santiuste. El río desemboca en el Henares cerca de Baides.

Las aguas para el consumo de Atienza proceden de su propio término, del paraje conocido como El Hontanar.

Por otro lado hay arroyos que rigan sus vegas. El Arroyo de la Bragadera que baja a Naharros, el Arroyo de la Estrella que nace en la Fuente de la Hoz y que, antes de llegar a Cincovillas, movió tres molinos (El del Hocino, el Molino Banco y el Molino del Pirolo), el Arroyo del Pizorral.

Hay abundantes fuentes en el término, aunque de algunas quede poco más que el recuerdo: Fuente del Carril, La Canaleja, la Fuente La Mona, el Pilar de la Bragadera, la Fuente del Campo, la Fuente de Santa Lucía, la Fuente del Piojo, la Fuente de la Hoz, la Fuente del Monte...

En el pueblo las fuentes son también abundantes: La Fuente del Santo, la del Tío Vitoriano, la de Puertacaballos, la de San Gil, la del Cañuelo, la Fuente de la Salida, la Fuente de los Delfines...